Los años 90

En las primeras temporadas de esta decada el equipo milita en tercera hasta que en la 92/93 se baja a la preferente. En la temporada 93/94 se pasa con mas pena que gloria por la preferente y no es hasta la temporada 94/95 en la que se deja por fin atrás la regional preferente, con Antonio Ocaña sentado en el banquillo. Una vez en la liguilla a tercera los rivales son el Alcala, Villanueva y Riotinto. Aunque se sufre en esta liguilla, el Algeciras sube de categoria e incluso llega a golear a domicilio al Riotinto por 1-8. Como anécdota decir que el ultimo partido de liguilla celebrado en El Mirador sirvio para colgar las botas al algecireño Julio Cabello, que salio a hombros del terreno de juego y vitoreado por toda la aficion. En la siguiente temporada (95/96)El equipo pasa desapercibido por el grupo X de tercera division y en la 96/97 se apuesta firmemente por el ascenso a la segunda B, para lo que se trae al entrenador Federico Martinez Gamez acompañado de varios jugadores de su confianza. El equipo se mete en la fase de ascenso, pero el tecnico es reemplazado nada mas empezar por el duo Antonio Ocaña - Fernando Gallego, que solo logran un punto en toda la liguilla. El ascenso deberia esperar.Llegamos asi a la 97/98 de nuevo con el unico objetivo es el ascenso. Este año se trae como entrenador a Gabriel Navarro “Baby”, tecnico que ya habia conseguido ascender a los albirrojos a segunda. Es muy criticado durante toda la temporada por la parroquia local, pero en la ultima jornada de liga regular, aprovechando dos fallos de sendos equipos, nos metemos en la liguilla, quedando emparejados con Granada 74, Merida B y Hellin.

En la liguilla (como es costumbre) se sufre al máximo. Con la llegada del Granada 74 a tierras algecireñas se vive una curiosa anécdota. Los granadinos con el partido perdido y sin posibilidades de ascenso empiezan a caer sospechosamente lesionados hasta quedarse con 7, con lo que el arbitro no tiene mas remedio que dar por terminado el choque. Después se viaja a Hellin y se pierde con atraco arbitral incluido y con maltrato a los aficionados y periodistas allí desplazados, llegando así a la ultima jornada que se jugaría en el Mirador contra los hellineros y valiéndonos el empate.

Con el Mirador hasta la bandera(mas de 11.000 personas) y el partido en empate a 1, a los 25 de la segunda parte los jugadores albaceteños, con Jonas a la cabeza(jugador que después recalaria en las filas albirrojas) deciden abandonar el campo tras una tangana. Los jugadores se niegan a salir al terreno y el arbitro da por suspendido el encuentro. La federación decidió que el partido se jugaría dos semanas después en el Mirador y a puerta cerrada. Y el Algeciras con el providencial guardameta Fito aguanta el empate y se mete en segunda división B. El equipo albirrojo no jugo solo, ya que mas de 6.000 personas vivieron los minutos finales a las puertas del estadio esperando cantar el alirón, como al final harían, volviéndose a escribir una de las paginas doradas para el equipo y la ciudad.

En la temporada 98/99 el Algeciras c.f. pierde la categoría. Baby, que había subida al equipo es cesado en la jornada 9 por malos resultados y se trae al técnico Manuel García Calderón y a varios jugadores para reforzar la plantilla, pero no vale de nada. En la penúltima jornada de la temporada, ante el Polideportivo Almeria, el tecnico paso la semana pidiendo reiteradas veces el apoyo de la aficion, esta respondio en masa como en toda la temporada, pero el partido acaba en un empate a cero en un encuentro en que ninguno de los dos conjuntos hizo demasiado por meter en balón en la porteria contaria. Este resultado, que la afición algecirista critico duramente, acaba a posteriori metiendo en la liguilla de ascenso al equipo almeriense y salva al Algeciras del descenso directo, pero no se libra de jugar la permanencia.Posteriormente se jugaron dos eliminatorias y el equipo de El Mirador cayo en las dos, dejandonos de nuevo en el pozo de la tercera. El Algeciras comenzó la 99/00 con el único objetivo de recuperar la categoría que nunca debió perder. Para ello se refuerza con jugadores experimentados en esta categoría y con el técnico jienense Quico Alvarez, que cuenta en su curriculum con un ascenso a segunda con el Real Jaén. Desde la primera jornada el Algeciras demuestra lo que quiere goleando en Córdoba (0 a 4). Después de una temporada de lucha donde nunca se perdieron los puestos de cabeza, en la penúltima jornada de la temporada regular se proclama campeón de grupo al vencer por 3 a 1 al Atlético Sanluqueño, con 7 puntos de ventaja sobre el segundo clasificado. Queda emparejado en la liguilla de ascenso con el Don Benito, Maracena y Torpedo 66. Desde la primera jornada el equipo esta condenado a sufrir al perder contra el equipo Donbenitense en casa por cero a uno. En la segunda jornada el Algeciras cumple con lo previsto y gana en Cebolla al Torpedo, lo que motiva que el tercer partido contra el Don Benito sea trascendental: si se gana no se dependería de nadie. Pero el Algeciras después de adelantarse en dos ocasiones solo sacó un empate y se desvanecen las esperanzas de ascenso. Pero el Don Benito cae inesperadamente en Cebolla (que no había conseguido ni un solo gol en la liguilla) y los algeciristas aprovechan este traspiés para hacerse con el liderazgo del grupo. Llega la última jornada contra el Maracena en el nuevo Mirador. Con mas de siete mil espectadores en el campo, los albirrojos nos hacen sufrir hasta el minuto 88 en el que el zaguero visitante Castillo comete penalti al tocar el balón con la mano dentro del área. Batista sin dudarlo lanza el penalti y mete al Algeciras por fin en segunda B. ¡El ansiado ascenso estaba conseguido.